نیاکی در سال 1359 به سمت فرماندهی لشکر 88 زرهی و در سال 1360 به سمت فرماندهی لشکر قدرتمند 92 زرهی منصوب گردید.
وی همچنین در مسئولیت‌های فرماندهی در عملیات‌های بزرگ طریق
القدس، فتح‌المبین، بیت المقدس، والفجر و رمضان خدمت کرده و در سمت
فرماندهی لشکر92 زرهی خوزستان و فرمانده قرارگاه فتح بارها به قلب دشمن
تاخته و شکست‌های سنگین بر پیکره دشمن وارد آورده است.
امیر نیاکی به واسطه شجاعت وافر خود در حکمی از سوی امیر
سپهبد شهید صیاد شیرازی به جانشینی فرمانده نیروی زمینی ارتش در جنوب منصوب
شد و در طراحی عملیات های بزرگ در جنوب، نقش کارسازی داشت. وی در سال 1363
به سمت جانشینی اداره سوم سماجا منصوب شد.
او در تاریخ 6/5/1364 به عنوان ناظر آموزش در رزمایش لشکر 58
تکاور ذوالفقار که در شرایط واقعی جنگی اجرا شد، شرکت کرد و تقدیر الهی بر
آن شد که پس از سی‌وسه سال خدمت پر افتخار سربازی، در میدان آموزش و تمرین
نظامی به درجه رفیع شهادت برسد.
سوابقی که در مورد این شهید عزیز خواندید شاید برای یک مرد
نظامی امری عادی باشد اما نکته ای که قابل تامل است خاطره‌ایست که از زبان
همسر وی نقل شده. شرف مردان خدا به گذشتن است از موفقیت‌ها و علقه‌هایی که
دارند و این کلمات اگر چه بیانش در قالب سخن راحت به نظر می آید ولی هر
کسی وجود عمل کردن به آن را ندارد.
*فوت دختر عزیزمان مژگان حادثه تلخ زندگی‌مان بود
مهمترین حادثه تلخی که در زندگی مشترک ما رخ داد، فوت دختر
عزیزمان مژگان بود. درست زمانی که ایشان در جنگ بود، در حالی که عاطفه پدری
حکم می‌کرد، در کنار دخترش باشد، وقتی به او تلگراف زدیم و خبر فوت مژگان
را به او دادیم، ایشان در جواب تلگراف من، تلگرافی به این مضمون فرستاد:
«همسر عزیزم ملیحه! آن فرزندم کسانی را دارد که در کنارش باشند، ولی من
نمی‌توانم در این بحبوحه جنگ، فرزندان سرباز خود را تنها بگذارم».
