بعد از پیروزی انقلاب، به عضویت سپاه درآمد و تصدی تسلیحات سپاه تبریز که اهمیت زیادی در آن ایام داشت با او بود. از مسئولیت وی یادها و خاطرات بسیاری در ذهن تمامی مسئولین سپاه آن زمان مانده است. همچنین مردم خاطرات زیادی از مبارزات او در "غائله حزب خلق مسلمان" تبریز و آشوب گروههای دیگر دارند.
او در تسخیر مقر فرماندهی این حزب که در میدان منجم تبریز واقع بود رشادتهای بسیاری از خود نشان داد. تیرماه سال 59 به همراه احمد پنجه شکار امور اجرایی مربوط به ستاد عملیاتی سپاه را به عهده گرفت و تحت عنوان مسئول تجهیزات تبریز و معاون اطلاعات عملیات انجام وظیفه نمود و پس از طی این دورهها به شیراز اعزام شد تا یک دوره هوابرد را در آنجا بگذراند و پس از آن با نخستین گروه از پاسداران تبریز به مناطق عملیاتی جنوب (سوسنگرد) اعزام شد و در نبرد تن به تن با متجاوزین، رشادت ها نشان داد تا جایی که بر اثر اصابت گلوله در بستان از ناحیه ران پا مجروح و در بیمارستان شهید مصطفی خمینی تهران بستری شد. پس از ٣ ماه بستری شدن و قبل از بهبودی کامل باز به جبهه رفت و این بار به دستور حضرت آیتالله مدنی به سمت مسئول عملیات سپاه مراغه منصوب شد.
در عملیات بیتالمقدس با سمت مسئول محور تیپ حضور داشت و در عملیات رمضان معاون تیپ عاشورا شد. زمانی که تیپ عاشورا به لشکر عاشورا تبدیل شد مرتضی به سمت معاون دوم لشکر منصوب گردید. پس از شرکت در عملیاتهای والفجر مقدماتی، والفجر 2، والفجر4 با همان سمت و با تلاش بیشتر نوبت به شرکت درعملیات خیبر رسید. آنان با جانفشانی از پل حمید و جزایر مجنون دفاع کردند و شهید یاغچیان در حین عملیات به شهادت رسید.
فرازی از وصیتنامه سردار شهید مرتضی یاغچیان
بسم الله الرحمن الرحیم
بنام خدا و برای خدا، در راه خدا این وصیتنامه را مینویسم تا حجت باشد به آنکه بعد از من نگویند نا آگاه بود و نادان و بی هدف، بلکه من زندگی ز حسین آموختم که فرمود: مرگ با عزت به از زندگی با ذلت است.
بار خدایا بنده ای هستم گناهکار و روسیاه و شرمسار و در خود لیاقت شهید شدن را نمیبینم مگر آن که تو خود بر من رحم کنی و عنایت به من بنمائی شربت شهادت را.
خداوندا، امروز نائب امام زمان با دم مسیحائی خود به ما ارزش انسان بودن و انسان شدن میآموزد و روز امتحان است. اگر لحظهای درنگ کنیم فرصت از دست رفته، پس ما را یاری بفرما و راهنمایمان باش و از لغزشها نگاهمان دار تا به صراط مستقیم هدایت شویم.
ای مسلمانان جهان امروز تمامی کفر به سرکردگی امریکا با تمام قوا در مقابل اسلام صف کشیده و اسلام و انقلاب اسلامی امروز به خون و جان ما نیاز دارد تا ریشهاش محکم شود و اگر ما در این امر قصور کنیم فردای تاریخ هم در مقابل خدا و رسول خدا و هم نسل آینده مسئول خواهیم بود و جوابگو. بر ماست که به ندای « هل من ناصر ینصرنی» امام عزیزمان لبیک گفته و به یاری او بشتابیم که یاری او یاری اسلام و پیامبر است. « ان تنصرالله ینصرکم و یثبّت اقدامکم » و اگر یاری کنیم خدا را، خواهد نمود ما را در رسیدن به مقام والای انسانیت، و راهنمایی، در رسیدن به هدف نهائی.
امروز این سعادت به من دست داده تا به کربلای ایران جایگاه عاشقان خدا، قرارگاه سرداران رسول گرامی و پویندگان راه علی و پیروان حسین و سربازان امام زمان (عج) و یاوران رهبر عزیز خمینی کبیر و راهیان شهادت و برای رسیدن به این مکان چه انتظارها کشیدهام خدا میداند و با آگاهی کامل و با عشق به الله به این راه آمدهام تا برای رضای او جهاد کنم و اگر سعادت پیدا کردم به دیدار خدا بروم و از این تن خاکی عروج کنم و به خدا برسم.
پدر و مادرم اگر من شهید شدم غم مدارید چون من یک شهیدم و هرگز نمیمیرم و پیش معبودم روزی به من داده خواهد شد. ثانیاً من امانتی بیش در پیش شما نبودم و شاد باشید که چه خوب دین خود را ادا کردید و از اینکه در تربیت من خیلی زحمت کشیدید و من خیلی به شما اذیت کردهام، حلالیت می طلبم و میخواهم که در مرگ من زیاد گریه نکنید که هم اجر من کم میشود و هم ثواب شما. بلکه به خاطر خدا گریه کنید و از ترس روز قیامت.
برادران و خواهرم از اینکه خیلی شما را ناراحت کردهام و زحمات زیادی بخاطر من متحمل شدهاید امیدوارم مرا ببخشید و تقاضا دارم از دامن امام دست برندارید و اسلام را بوسیله فرد نشناسید بلکه افراد را با معیارهای اسلامی بشناسید و از شما میخواهم که نگذارید اسلحه من زمین بیافتد بلکه هر تکتک شما یک پاسدار برای اسلام باشید. انشاءالله
دوستان و برادرانم، از همه عاجزانه حلالیت می طلبم و تقاضا می کنم امام عزیز را تنها نگذاریدو به جان او دعا کنید تا ظهور آقا امام زمان (عج) و در راه پیاده شدن احکام و قوانین اسلام تا جایی که میتوانید تلاش کنید. همه شما را به خدا میسپارم. از همه التماس دعا برای طول عمر امام را داریم.
17/2/61 مرتضی یاغچیان، قرارگاه کربلا